GMIT El-Roi Batakte adalah salah satu wilayah pelayanan di bawah naungan Sinode GMIT dan Klasis Kupang Barat. GMIT El-Roi Batakte pada mulanya adalah cabang dari GMIT Imanuel Oenesu, yang kemudian keluar dan membentuk Pos Pelayaan di Batakte. GMIT El-Roi Batakte menjadi Jemaat mandiri pada tanggal 4 Mei 1996.