GMIT Aku Ada Batulesa pada awalnya merupakan salah satu Mata Jemaat dari Gereja induk Ebenhaezer Sumlili, yang berada di wilayah kependetaan Foenenok, Klasis Kupang Barat. Bermula dari kumpulan para lansia yang mendirikan sebuah jompo di Batulesa pada tahun 1982, yang kemudian diakui menjadi satu Mata Jemaat dari GMIT Ebenhaezer Sumlili, Klasis Kupang Barat, pada tanggal 22 April 1991. GMIT Aku Ada Batulesa kini telah menjadi Jemaat mandiri terhitung sejak tanggal 05 Agustus 2018.